Diez años después de que Mazinger exterminase a las fuerzas del mal, el planeta se encuentra en un momento de paz y prosperidad tecnológica. Sin embargo, el Doctor Infierno y sus secuaces vuelven a sembrar el caos y obligan a Koji Kabuto a volver a ponerse a los mandos del Mazinger Z.
Narra la historia de un enfrentamiento entre humanos y dioses en una serie de combates a muerte. Los dioses han decidido extinguir a la humanidad, pero antes les dan una última oportunidad para demostrar su valía en 13 rondas de batalla, conocidas como Ragnarok. Si la humanidad gana 7 rondas, se le permitirá seguir existiendo.